中文

English

生物医疗数据库攻略:新葡萄8883官网AMG带你探索ImmPort资源库

发布时间:2025-07-24   信息来源:尊龙凯时官方编辑

ImmPortResourcesImmPort数据库(Immunology Database and Analysis Portal)中的一个关键模块,旨在为免疫学研究提供丰富的数据和信息支持。接下来,我们将详细介绍这个模块中所包含的多种实用资源。

生物医疗数据库攻略:新葡萄8883官网AMG带你探索ImmPort资源库

首先,访问ImmPort官网并选择Resources模块,您可以进入ImmPortResources模块,获取各类丰厚的资源。以下是对这些资源的分类。

一、免疫组学参考数据集

ImmPort整合了自身的多个研究项目,按照不同的研究方向和计划进行了系统分类。研究者们可以根据自己的研究需求,选择合适的Program,精准筛选目标项目及其相关数据集。

二、细胞、基因与分子数据库

ImmPort收录并整理了与免疫学相关的细胞、基因与分子功能注释信息,以便研究者查阅,具体内容包括:

1. Cell Ontology Browser

这一标准化的免疫细胞分类系统旨在解决免疫学及单细胞研究中细胞类型命名混乱和定义模糊的问题,从而实现数据的规范化整合和跨研究比较。

2. immuneXpresso

这是一个基于文本挖掘的免疫细胞互作分析引擎,能够从海量文献中提取并标准化免疫细胞与细胞因子之间的相互作用关系。当前该模块处于关闭状态,但可下载其以前收集的互作关系列表文件。

3. Gene list

ImmPort从Reactome和GO两个数据库中精选出与免疫学相关的基因列表,涵盖免疫系统及其相关过程,研究者可以重点关注这些基因集的功能及其表达模式。

4. Cytokine Registry

该模块专门收录细胞因子、趋化因子及其受体信息,整合了多种权威数据库中的相关条目,帮助解决不同数据库之间的命名差异问题,为免疫学和生物医学研究提供统一的术语参考基础。

5. Immune Regulation

此模块能够识别目标免疫系统基因的调控因子,用户可以通过输入目标基因及其研究项目,快速获取相关的调控因子信息。

三、实用分析工具

以下是ImmPort提供的实用分析工具:

1. ImmPort API

ImmPort提供应用程序接口(API)供用户查询与下载其数据库中的共享数据。

2. Immcantation

该框架为适应性免疫受体组库(AIRR)数据提供端到端的分析生态系统,全面涵盖数据预处理、群体结构解析和组库深度分析等环节。

3. Deep Learning for Cytometry Data

ImmPort还提供了一个教程,指导用户利用Keras和TensorFlow构建基于CyTOF数据的深度学习模型。这一模型能够高精度诊断潜伏性CMV感染,并通过置换分析法发现对模型预测结果影响最大的细胞亚群。

本期内容集中介绍了ImmPort数据库Resources模块中重要的参考数据集和实用分析工具。如果您对其他数据库有兴趣,欢迎在评论区留言交流。探索更多生物医疗相关资源,助力您的研究,强烈推荐访问新葡萄8883官网AMG